1937年12月12日以后，南京城门被破，卫戍司令唐生智此时乘坐渡轮离开，而城内还遗留着许多守城士兵，但更多的士兵因为没有船只被挤在了下关江口，南京城的百姓听着炮弹枪声越来越稀松，他们知道这场属于南京的战争结束了，日本鬼子要进城了。
在第二天早晨，进攻中华门的日军谷寿夫部队入城，而在入城当天他们便在中山北路和中央路的难民区进行了野蛮的屠杀，此后日军中岛、牛岛等部队也先后进城，一起参与到了这场骇人听闻的大屠杀当中。
在紫金山，日军活埋中国军民超过3000人、在雨花台日军射杀中国军民超过2万人、在汉西门外日军集体屠杀中国难民和非武装军警超 7千人、在上元门外鱼雷营江边日军屠杀南京军民9千余人、在燕子矶江边，日军通过机枪扫射疯狂屠杀了中国难民以及被解除武装的士兵、伤病超过5万人，连江水都被鲜血染红。而像这种集体大屠杀共有28起，其中多地到达了几万人，而少的也有几千人，并且每一例都有确凿的证据。
集体大屠杀都有如此多，而单一的杀害更是数不胜数，1947年战犯谷寿夫被审判之时，中国军事法庭查证有据的零散屠杀共858案，被屠杀者达到了15 万以上，连尸体掩埋工作进行了数月之久，此间作证的证人有 1200 多名。
而据担任掩埋尸体的世界红十字会南京分会统计，他们掩埋尸体 43071具、南京崇善堂掩埋尸体 112226 具，这两个慈善机构
合计掩埋了尸体达到155297 具，日军之残暴令人发指。
除了屠杀南京城内的平民武安，日军部队在南京还针对性地对南京城内的妇女进行了集体性强暴。
据侵华日军老兵田锁公三战后忏悔文中写道：在南京大屠杀中，我认为妇女遭受的痛苦最深，不论多年轻还是多老迈，她们都逃不脱被强暴的命运，每一名妇女都会被发配给15-20名士兵，供给他们强暴取乐，而这种现象持续了数周。
在南京的日军部队对于南京城内的妇女强暴是集体性的，从上至下的，不止普通士兵在发泄着禽兽般的欲望，连指挥官将领们都参与其中，并且他们还公开告诫士兵在强暴完妇女之后，为了避免日后日军的丑事被宣扬出去，需要把没有被强暴致死的妇女给杀掉，彻底消灭这场禽兽般的罪证。
被日军强暴的南京女性来自各个阶层，有农村的农夫，有城市的白领、有学校的教师、有还在读书的学生，甚至还有还未成年的小女孩。
日军对南京妇女犯下的强暴罪行，无法用一个准确数字来计算，但在30万被屠杀的同胞中，被日军强暴的妇女死难者最少有两万，最多达八万，
用香港《大公报》的一篇文章的评论来讲就是：在每天，在一天 24 小时内，每个小时都有清白无辜的妇女被日本人拖到什么地方去强暴。
在集体性的暴行之下，还有史无前例的大抢劫，日军在进入南京之后，在暴行之下还进行了集体大抢劫，他们闯入银行政府民居，翻箱倒柜，大肆抢劫，白天抢，晚上抢，集体抢，单独抢。
在那一年的南京没有一家没遭到日军的抢劫，有的还被抢了不止一次，上午这伙鬼子上门，翻了一个底朝天，下午又会有另一伙鬼子踢门，又是一顿翻箱倒柜，稍有一点值钱的东西都被鬼子抢走。
一位美国记者回忆，她南京中山东路上看到一个画面：一个日本鬼子，背上背着一只大包袱，右手推着堆满了东西的童车，而由于童车太低，4个小轮子承受不了车上装的抢劫而来的物品，从而轮子歪斜着，在柏油马路上咔嚓咔嚓地滚动着，那场面要有丑恶就有多丑恶。
自该年12月14日起，下关江边到处是堆积如山的物品包袱，每天每小时甚至每分每秒都有人将抢来的东西送到这里，他们都按照上级的要求，清楚地写上自己要寄去的地方。
而江面上停着一艘艘飘着太阳旗的军舰、商船，船舱里装满了各种各样的包袱，许多日本军官则利用部队的卡车，将抢来的机器、家具运到船上。
在抢完平民百姓还不过瘾，日军此后又盯上了医院、大学、政府机关、邮局，甚至连图书馆的书都全部搬空。
他们将南京的图书馆的书搜刮一空，足足搬走了88万册，其中还包括了3000多册珍贵的《清朝历代皇帝实录》。
当地面的东西抢掠得差不多了后，日军又盯上了地下的东西，南京本身就是一座历史名城，是六朝古都，在南京有明孝陵、吴王坟、南唐二陵、孙权墓、李文忠墓、六朝王陵等等，日本人也知道中国的历史，更知道南京地下有无数的宝藏，搜刮完地面的他们，便想着夺取地下的，开始了挖掘古墓的勾当。
他们盗走的宝贝从最普通的瓷器到珍贵的翡翠，几乎是应有尽有。挖掘完了，他们将这些古墓一颗炮弹炸为平地，日本人盗墓所得的金子、银子、铜币都近万吨。
可以说日军在南京的暴行罄竹难书！
