南京大屠杀（1937年12月13日至1938年1月）是日本侵华战争期间犯下的严重暴行，主要由以下日军部队参与：
1. 主要参与部队
（1）上海派遣军（华中方面军）
第6师团（师团长：谷寿夫）
该师团是南京大屠杀的主要施暴部队之一，负责进攻中华门、雨花台等地，并在南京城内进行大规模屠杀。
战后，师团长谷寿夫被远东国际军事法庭认定为战犯，1947年在南京被枪决。
第16师团（师团长：中岛今朝吾）
该师团参与了南京城东的进攻，并在中山门、紫金山等地犯下大量暴行。
师团长中岛今朝吾在战后病死（1945年），未受审判。
第9师团（师团长：吉住良辅）
参与了南京外围作战，但暴行记录相对较少。
第13师团（师团长：荻洲立兵）
负责南京外围作战，部分部队参与屠杀。
第3师团（师团长：藤田进）
参与南京外围作战，暴行记录较少。
第114师团（师团长：末松茂治）
参与南京外围作战，部分部队涉及屠杀。
（2）第10军（柳川平助指挥）
第18师团（师团长：牛岛贞雄）
参与南京外围作战，部分部队涉及暴行。
第6师团（与上海派遣军重复，因该师团后来划归第10军）
2. 其他辅助部队
海军特别陆战队（长谷川清指挥）
参与南京城内作战，部分士兵涉及屠杀。
战车部队、炮兵部队、工兵部队
部分辅助部队也参与了屠杀和破坏。
3. 战后结局
部分指挥官被审判：
松井石根（华中方面军司令）—— 1948年被远东国际军事法庭判处绞刑。
谷寿夫（第6师团长）—— 1947年在南京被枪决。
田中军吉（第6师团中队长）—— 1948年在南京被枪决。
向井敏明、野田毅（“百人斩”凶手）—— 1948年在南京被枪决。
部分军官逃脱审判：
中岛今朝吾（第16师团长）—— 1945年病死，未受审判。
吉住良辅（第9师团长）—— 战后未被起诉。
4. 日本政府的态度
日本右翼势力长期否认或淡化南京大屠杀，但国际社会（包括美国、德国等国的档案）均证实了这一暴行。中国政府始终坚持历史真相，并设立南京大屠杀遇难同胞纪念馆，以警示后人。
结论：南京大屠杀主要由日军第6师团、第16师团等部队实施，部分指挥官战后被处决，但许多参与者逃脱了惩罚。这段历史必须被铭记，以防止悲剧重演。 